La implementación de la Estrategia Nacional de Biodiversidad tiene sus primeros esfuerzos en 2006, tarea encomendada por el Consejo Directivo de CONAMA, mediante el Acuerdo 272, donde aprueba dicho plan en abril 2005, y junto a ello, mandata la conformación del Comité Operativo Nacional de Biodiversidad (y su homólogo en regiones), asignándoles la tarea de dar seguimiento a la implementación de las tareas comprometidas en este marco, con el fin de dar cumplimiento a los compromisos de Chile en la Convención Internacional de Biodiversidad, a la cual Chile es parte desde 1994.
El Comité Operativo Nacional de Biodiversidad, está integrado por 37 Instituciones de Gobierno (Ministerios y Servicios Públicos), de diversas áreas temáticas con competencia en la conservación de la biodiversidad y de los recursos naturales.
La implementación de la ENB se efectúa a través de su Plan de Acción y su seguimiento, permite evaluar los avances, corregir brechas y mejorar el desempeño del Estado en relación con los instrumentos, políticas públicas y financiamiento para la biodiversidad, bajo un contexto transversal. La elaboración del plan de acción de la ENB será un ejercicio con base regional y local, es decir considerará y convocará a diversos actores sociales para un resultado efectivo y transversal.